دو دسته ستادهای توسعه فناوری‌های راهبردی و ستادهای توسعه اقتصاد دانش‌بنیان، با توجه به ماموریت ویژه معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان تعریف شده است. ستادهای توسعه فناوری‌های راهبردی، توسعه و حمایت از فناوری‌‌ها روزآمد و رو به توسعه، حرکت در لبه این دانش و فناوری‌ها را با توجه به نیازهای آینده کشور دنبال می‌کنند. اما ستادهای توسعه اقتصاد دانش‌بنیان با محوریت‌های موضوعی خاص، با توجه به اهمیت‌شان در سطح جهانی و مزیت‌های سرزمینی ایجاد شده‌اند. اگر سیاست‌ها، برنامه‌ها و راهبردهای کشور، در مسیر رویکرد و سیاست‌های این ستادها عمل کنند، قطعا شاهد هماهنگی و هم افزایی بیش‌تر و در نتیجه رشد چشمگیر در حوزه اقتصاد دانش بنیان خواهیم بود.