داستان آمفیبیا در مورد دختری معمولی به نام «آن» بونشوی ۱۳ ساله است. در روز تولد «آن»، دوستانش او را مجبور میکنند تا از یک مغازه عتیقه فروشی یک جعبه اسرارآمیز موسیقی را بدزد. او و دوستانش «ساشا» و «مارسی » پس از دزدیدن جعبه و بازکردنش به شکل جادویی از هم جدا شده و به دنیای آمفیبیا، یک جزیره گرمسیری و مرداب وحشی، پر از دوزیستان انسانی و موجودات تهدیدآمیز منتقل میشوند و...